Es gibt mehrere verschiedene Färbungen, die verwendet werden können, um DNA zu visualisieren und zu fotografieren, nachdem das Material durch Gelelektrophorese getrennt wurde. Unter den vielen Möglichkeiten sind diese fünf Stämme am häufigsten mit Ethidiumbromid, das am häufigsten verwendet wird. Bei der Arbeit mit diesem Prozess ist es wichtig, nicht nur die Unterschiede zwischen den Stämmen, sondern auch die damit verbundenen Gesundheitsrisiken zu kennen.
01 Ethidiumbromid
Ethidiumbromid ist wahrscheinlich der bekannteste Farbstoff, der zur Visualisierung von DNA verwendet wird. Dieser Farbstoff kann in der Gelmischung, in dem Elektrophoresepuffer oder zum Färben des Gels, nachdem es gelaufen ist, verwendet werden. Moleküle des Farbstoffs haften an DNA-Strängen und fluoreszieren unter UV-Licht, was genau zeigt, wo sich die Banden im Gel befinden. Trotz seines Vorteils ist der Nachteil, dass Ethidiumbromid ein potentielles Karzinogen ist, weshalb es mit großer Vorsicht gehandhabt werden muss. Aufgrund der möglichen gesundheitlichen Risiken bei der Arbeit mit diesem Gel wurden Alternativen gefunden. 02 SYBR Gold
SYBR Gold-Farbstoff kann verwendet werden, um doppelsträngige oder einzelsträngige DNA zu färben oder um RNA zu färben. SYBR Gold war eine der ersten Alternativen zu Ethidiumbromid und wird als sensitiver angesehen als Ethidiumbromid. Der Farbstoff weist nach Bindung an Nukleinsäuren eine 1000fach höhere UV-Fluoreszenz auf. Es dringt dann in dicke und hochprozentige Agarosegele ein und kann in Formaldehydgelen verwendet werden. Da die Fluoreszenz des ungebundenen Moleküls so niedrig ist, ist ein Entfärben nicht erforderlich. Der Lizenzinhaber Molecular Probes hat (seit der Einführung von SYBR Gold) SYBR Safe und SYBR Green entwickelt und vermarktet, die sicherere Alternativen zu Ethidiumbromid sind.
03 SYBR Grün
Die SYBR Green I- und II-Flecken (wiederum von Molecular Probes vertrieben) sind für verschiedene Zwecke optimiert. Da sie an die DNA binden, werden sie immer noch als potentielle Mutagene betrachtet und sollten deshalb mit Vorsicht behandelt werden. SYBR Green I ist für die Verwendung mit doppelsträngiger DNA empfindlicher, während SYBR Green II andererseits für die Verwendung mit einzelsträngiger DNA oder RNA am besten geeignet ist. Wie die beliebte Ethidium-Bromid-Färbung fluoreszieren diese hochempfindlichen Flecken unter UV-Licht. 04 SYBR Sicher
SYBR Safe wurde als sicherere Alternative zu Ethidiumbromid und anderen SYBR-Flecken entwickelt. Es wird nicht als gefährlicher Abfall betrachtet und kann im Allgemeinen durch die normalen Kanalisationssysteme (dh in den Abfluss) entsorgt werden, da Toxizitätstests zeigen, dass keine akute Toxizität vorliegt. Tests zeigen auch, dass es wenig oder gar keine Gentoxizität bei syrischen Hamsterembryo (SHE) -Zellen, menschlichen Lymphozyten, Maus-Lymphomzellen und im AMES-Test gibt. Der Farbstoff kann mit einem Blaulicht-Transilluminator verwendet werden, der die sichtbare DNA weniger schädigt und eine bessere Effizienz für das spätere Klonieren bietet. 05 Eva Grün
Eva Green ist ein grün fluoreszierender Farbstoff, von dem festgestellt wurde, dass er die PCR in einem geringeren Ausmaß hemmt als andere Farbstoffe. Dies macht es sehr nützlich für Anwendungen wie quantitative Real-Time-PCR. Es ist auch eine gute Wahl, wenn Sie Gele mit niedrigem Schmelzpunkt für die Wiederherstellung von DNA verwenden. Es ist sehr stabil bei hohen Temperaturen und hat selbst eine sehr geringe Fluoreszenz, ist jedoch hochgradig fluoreszierend, wenn es an DNA gebunden ist. Es wurde auch gezeigt, dass Eva Green eine sehr geringe oder keine Zytotoxizität oder Mutagenität aufweist.